1、前海灣站：是5號(hào)線（環(huán)中線）的起始站，也是5號(hào)線與1號(hào)線（羅寶線）、穗莞深城際線的換乘站，位于前海片區(qū)，規(guī)劃晨文路和在建1號(hào)線西側(cè)地塊內(nèi)，呈南北向布置。車站為地下兩層12 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積30400平方米。

2、臨海站（原臨海路站）：位于寶安中心區(qū)甲岸路和濱水沿岸臨海路（規(guī)劃）丁字路口北側(cè)，和臨海路呈斜交，大致呈東西向布置，東端距新深圳河西側(cè)河堤約140米。車站為地下兩層10 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積11600平方米。

3、寶華站（原寶華路站）：位于寶安區(qū)寶華路與興華一路交叉路口處，沿寶華路北側(cè)布置。西北側(cè)為寶安市民廣場(chǎng)，西南側(cè)為規(guī)劃綠地和圖書館、博物館等文化設(shè)施用地。車站為地下兩層10 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積11800平方米。

4、寶安中心站：是5號(hào)線與1號(hào)線的換乘站，位于新湖路與創(chuàng)業(yè)一路交叉路口，大致呈南北走向。車站為地下三層7 米側(cè)式站臺(tái)車站，總建筑面積11600平方米。

5、翻身站：位于寶安區(qū)創(chuàng)業(yè)一路和翻身大道交叉路口西側(cè)，沿創(chuàng)業(yè)一路布置。車站為地下兩層10 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積11000平方米。

6、靈芝站（原靈芝公園站）：是5號(hào)線與規(guī)劃10號(hào)線的換乘站，位于創(chuàng)業(yè)二路和前進(jìn)一路交叉路口，沿創(chuàng)業(yè)二路布置。車站為地下兩層12 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積13100平方米。

7、洪浪北站（原洪浪站）：位于創(chuàng)業(yè)二路和新安三路交叉路口，沿創(chuàng)業(yè)二路布置。車站為地下兩層10 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積11100平方米。

8、興東站（原同樂站）：位于創(chuàng)業(yè)二路和留仙二路交叉路口，沿創(chuàng)業(yè)二路布置。車站為地下兩層10 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積11100平方米。

9、留仙洞站（原深職院站）：位于留仙大道和同發(fā)路丁字路口處，沿留仙大道布置。車站為地下兩層10 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積11600平方米。

10、西麗站：是5號(hào)線與規(guī)劃7號(hào)線、15號(hào)線的換乘站，位于留仙大道與沙河西路交叉路口，呈東西走向布置。車站為地下三層7 米側(cè)式站臺(tái)車站，總建筑面積 14000平方米。

11、大學(xué)城站：位于留仙大道和麗山路丁字路口西側(cè)，沿留仙大道布置。車站為地下兩層一島一側(cè)式站臺(tái)車站，總建筑面積22800平方米。

12、塘朗站：位于留仙大道與中央大道交叉路口的西側(cè)，沿留仙大道呈東西走向布置。車站為地面三層高架10 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積8000平方米。

13、長(zhǎng)嶺陂站：位于留仙大道與塘長(zhǎng)路以北路側(cè)，沿留仙大道路北布置。車站為地面三層高架二島三線式站臺(tái)車站，總建筑面積10000平方米。

14、深圳北站（原龍華火車站）：是5號(hào)線和4號(hào)線（龍華線）、規(guī)劃6號(hào)線及國(guó)鐵新深圳站的換乘站，位于龍華規(guī)劃新區(qū)大道西側(cè)，規(guī)劃國(guó)鐵新深圳站東廣場(chǎng)進(jìn)出站平臺(tái)下。車站為地下一層、地面一層5.4 米側(cè)式站臺(tái)車站，總建筑面積為9600平方米。

15、民治站：位于民治大道與平南鐵路交叉路口的東側(cè)，車站上方路面規(guī)劃新建平南鐵路二線。車站為地下兩層10 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積13700平方米。

16、五和站：為5號(hào)線與規(guī)劃16號(hào)線的換乘站，位于布龍公路與五和南路交叉路口的南側(cè)，布龍路輔道下，沿布龍公路呈東西走向布置。車站為地下兩層12米島式站臺(tái)，總建筑面積14700平方米。

17、坂田站：位于布龍公路和坂雪崗大道交叉路口，沿布龍公路呈東西走向布置。車站為地下兩層10 米島式站臺(tái)，總建筑面積20600平方米。

18、揚(yáng)美站（原大埔站）：位于布龍公路和雪圍路（規(guī)劃環(huán)城東路）交叉路口，跨路口布置。車站為地下兩層10 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積11800平方米。

19、上水徑站：位于吉華路北部上水徑村附近，上水徑村一處山坡上。車站為地下三層10 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積14200平方米。

20、下水徑站：位于吉華路下水徑村附近。車站為地下兩層10 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積11600平方米。

21、 長(zhǎng)龍站（原布吉中學(xué)站）：位于吉華路布吉中學(xué)段，沿吉華路布置。車站為地下兩層10 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積12200平方米。

22、布吉站（原布吉客運(yùn)站）：位于國(guó)鐵布吉客運(yùn)站和3號(hào)線之間公交站場(chǎng)下，車站所在位置周邊為交通樞紐。西側(cè)為國(guó)鐵布吉客運(yùn)站，東側(cè)為3號(hào)線布吉站，南側(cè)為布吉交通樞紐東廣場(chǎng)，北側(cè)為公交站場(chǎng)。車站為地下三層15.2米島式站臺(tái)車站，總建筑面積12900平方米。

23、百鴿籠站：為遠(yuǎn)期小交路折返站，位于龍崗區(qū)企嶺北路東側(cè)，在規(guī)劃翔鴿路、創(chuàng)富南路、榮華路（均未實(shí)施）的交口，沿規(guī)劃的翔鴿路呈南北向布置。車站為地下兩層一島一側(cè)式站臺(tái)車站，總建筑面積24900 平方米。

24、布心站：位于羅湖區(qū)東曉路和東湖路交叉口南側(cè)，沿東曉路布置。車站為地下兩層8 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積10500平方米。

25、太安站（原太安路站）：是5號(hào)線與規(guī)劃7號(hào)線的換乘站，位于太安路與太白路之間的東曉路上，橫跨布心路，呈南北走向布置。車站采用上5下7的雙島垂直換乘方式，總建筑面積40100平方米。

26、怡景站（原怡景路站）：位于怡景路與黃貝路交叉路口，沿怡景路布置。車站為地下兩層10 米島式站臺(tái)車站，總建筑面積10900平方米。

  27、黃貝嶺站：位于北斗路與深南東路交叉路口的東側(cè)，東接新秀立交，沿深南東路呈東西向布置。本站是5號(hào)線與2號(hào)線的換乘站，采用雙島4線的平行換乘方式，并在站廳層預(yù)留與規(guī)劃8號(hào)線通道換乘的條件，總建筑面積34400平方米。